Der NÖ Gesundheits- und Sozialfonds erhält zur Erfüllung seiner Aufgaben gesetzlich festgelegte Mittel. Diese bestehen im Wesentlichen aus Zahlungen des Bundes und der Sozialversicherungen (bundesgesetzliche Regelungen), des Landes NÖ und der NÖ Gemeinden (landesgesetzliche Regelungen).
Die Mittel werden zum überwiegenden Teil zur Finanzierung des laufenden Betriebes der NÖ Fondskrankenanstalten verwendet. Die konkreten Festlegungen zur Verteilung dieser Mittel erfolgt in der Richtlinie des NÖGUS für die LKF-Voranschlagserstellung.
Darüber hinaus leistet der NÖGUS auch Zuschüsse für Investitionen in NÖ Fondskrankenanstalten sowie für spitalsentlastende Maßnahmen und stellt Mittel für Gesundheitsvorsorge und Prävention, für Hospiz- und Palliativversorgung, die Ausbildung von nicht ärztlichen Gesundheitsberufen und Projekttätigkeiten zur Verfügung.
